《苍蓝钢铁的琶音剧场版》讲述士官候补生千早群像和同伴们偶然登上了旧时大日本帝国海军的潜水艇“伊401”后发生的故事。男主角千早群像担任“伊401”的临时舰长，女主角伊欧娜则是“伊401”的拟人化形

　　在前作《创圣大天使》中，故事设定在创圣纪0011年，地球上的人类由于11年前的大异变而失去了三分之二的人口。南极冰层溶化使得被认为1万2千年前已灭亡的“堕天翅族”亚特兰蒂亚复苏，他们将生物机械兵器